有茎性（粘膜面から茎をもって発育している形態）であれば内視鏡的ポリペクトミー（ポリープ切除術）、無茎性であれば内視鏡的粘膜切除術（ＥＭＲ、コラム）が行われます。
これらの方法によってポリープ全体を組織学的に検査することが可能になり、診断と治療の両方を兼ねることができます。
腺腫のなかでも、カーペット状の形態をした大きな無茎隆起は結節集簇様病変と呼ばれ、分割切除によるＥＭＲが行われます。
このような大きな病変を一括して切除するために、内視鏡的粘膜下層剥離(はくり)術（ＥＳＤ、コラム）や、腹腔鏡を用いた手術が行われることもあります。
近年、ポリープと形が異なり、平坦なあるいは、わずかに陥凹した腺腫が数多く発見されています。
この病変はＥＭＲによって治療されますが、ポリープの形をした腺腫よりも一般的に悪性度が高いため、これを見落とさないように注意することが大切です。
非腫瘍性ポリープは通常がん化することはないので、積極的に切除する必要はありません。しかし、有茎性で大きなポリープは出血や腸重積を起こす可能性があるので、内視鏡的ポリペクトミーを行います。
